论著
高通量测序方法在重症肺炎病原体检测的应用
中华检验医学杂志, 2017,40(08) : 609-613. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2017.08.012
摘要
目的

建立高通量测序技术检测重症肺炎病原体的流程和方法,并评估其可行性。

方法

临床对照研究。收集2015年3月至2016年12月深圳儿童医院就诊的76例重症肺炎的患者(实验组)和18例气管软化并排除细菌感染的患者(对照组),采集肺泡灌洗液标本,同时进行临床检测和高通量测序,并对高通量测序的结果采用PCR方法进行确认,然后对基于高通量测序的重症肺炎病原体检测方法进行评估。采用χ2检验对高通量测序组和非高通量测序组的检出率进行相关性分析。

结果

建立了基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测流程及方法,该流程包括:标本收集、DNA提取、文库构建、上机测序及生物信息学分析。在76例重症肺炎患者中,66例患者的肺泡灌洗液标本的高通量测序结果为阳性,灵敏度86.84%,显著高于传统临床检验所用的细菌培养、免疫荧光法和定量PCR 3种方法综合检测的灵敏度(68.42%,52/76,χ2=7.426,P<0.001)。66份高通量测序阳性标本中,共检测到13种病原体,其中主要的病原体包括肺炎支原体、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和腺病毒等,非高通量测序法共检测到9种病原体。比较临床检验和高通量测序结果,在76份实验组标本中,发现61份(80.26%)标本两者结果完全一致,15份(19.74%)标本结果不完全一致,这些不一致检出的标本主要集中在高通量测序检测出腺病毒、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌而临床培养和免疫荧光方法不能检出这些病原体。PCR验证结果显示高通量检测结果与PCR的检测结果差异没有统计学意义(χ2=0.517,P=0.472),高通量检测结果与培养及免疫荧光方法检测结果差异有统计学意义(χ2=11.671,P<0.001)。

结论

基于高通量测序的重症肺炎病原体的检测方法灵敏度高,能检测出未知病原体,优于传统临床检验所用方法。(中华检验医学杂志,2017, 40:609-613)

引用本文: 刘孝荣, 马东礼, 姜含芳, 等.  高通量测序方法在重症肺炎病原体检测的应用 [J]. 中华检验医学杂志,2017,40( 08 ): 609-613. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2017.08.012
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重症肺炎是指在肺炎病程中,具有常见呼吸系统症状,并伴有呼吸衰竭和其他系统明显受累表现的危重阶段,其病情重、并发症多、变化快,死亡率占感染性疾病之首。临床实践表明,早期和快速确定病原微生物从而选择有效的抗生素是治疗的关键。微生物培养和PCR检测等方法已经广泛应用到重症肺炎的诊断中,但培养的方法阳性率低,容易漏诊或误诊,并且耗时长,难以快速诊断,PCR方法通量低,仅能针对已知病原体,不能检测未知感染。高通量测序技术能够同时对上百万甚至数十亿个DNA片段进行测序,在无创产前诊断、遗传代谢病筛查、糖尿病及肿瘤等领域,高通量测序已由基础研究逐渐走向临床诊断[1,2,3,4]。目前,高通量测序应用于病原微生物的检测已成为研究热点,推动重症肺炎的诊疗向精准的方向发展[1,5,6]

 
 
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肺炎支原体
肺炎
高通量核苷酸序列分析